I Padri Carmelitani Scalzi si stabilirono nel convento di S.Torpè nel 1816. A tale anno verosimilmente risale anche la fondazione della biblioteca.

Il nucleo documentario più antico è forse costituito da alcune opere fortunosamente sfuggite all'incameramento di tutti i beni da loro posseduti nella precedente sede pisana di via dei Mille (Convento di Sant'Eufrasia), in cui erano vissuti dal 1719 al 1810.

Il patrimonio librario si è formato attraverso accessioni di varia natura, dovute ad acquisti, lasciti, donazioni, trasferimento di materiale librario da altri conventi, eccetera. L'attuale consistenza è di circa 52.000 tra volumi ed opuscoli, 333 testate di periodici cessati, 82 di periodici correnti, 1 manoscritto (sec. XV), 7 incunaboli, 182 cinquecentine.